东部非洲海运业去年面临地区政治不稳定、港口等后勤支援设施拥塞、货物转口延迟以及海盗活动猖獗等诸多挑战，地区贸易增长受到影响，通货膨胀加剧，使严重依赖海运贸易的东部和中部非洲经济面临威胁。
据肯尼亚《商业日报》７日报道，２００７年底至２００８年初肯尼亚的选举骚乱导致肯尼亚最大港口蒙巴萨出现拥塞，限制了大湖地区通过蒙巴萨港的转口贸易，依赖肯尼亚至乌干达贸易航线的非洲国家卢旺达、布隆迪、刚果（金）和苏丹南部在此期间对外贸易都大幅减少，这种状况直到去年４月才有所好转。
据悉，蒙巴萨港口货物积压量一度达到１．５万国际标准箱，超过１．３万国际标准箱的最适宜贮量，货物转口时间也有所增加。此外，一些海运设施现代化项目的匆忙上马也导致海运港口拥塞，而东部和南部非洲港务管理协会执行秘书杰罗姆·恩蒂巴里科瓦则表示，蒙巴萨港货物通关手续繁杂也是造成港口拥塞的原因之一。业内专家认为，由于缺乏与不断增加的货运量相适应的基础设施扩建项目，蒙巴萨港的拥塞状况今年可能仍将持续。
据报道，肯尼亚已开始实施在蒙巴萨建设第二个货运码头的计划，而第二个港口拉穆港的建设也在计划中。
除港口拥塞外，东非地区对外海运贸易去年还受到海盗活动的严重影响。据联合国国际海事组织统计，今年以来，索马里附近海域已经发生１２０多起海上抢劫，４２艘船只遭劫，至今仍有１０余艘外国船只和约２４０名船员被海盗扣押。
海盗行为严重威胁索马里海域至埃及苏伊士运河航线的海运贸易。据悉，蒙巴萨港货船保险费由原来的平均每艘船９００美元增至９０００美元。此外，海运公司也不得不避开索马里海域，绕行南非好望角，航行时间延长，燃油费增加，这导致贸易成本增加，日用品价格上涨。
专家表示，受索马里长期战乱和饥馑的影响，如果索马里不成立能够有效执政的新政府，周期性的海盗活动今年仍将持续。
